Galileo Galilei, par Peter Paul Rubens (circa 1630)
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Mosaïque de Jupiter en vraies couleurs réalisée à partir de photographies prises par la sonde Cassini le 29 décembre 2000 à 5 h 30 UTC.
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Les quatre satellites galiléens : Io, Europe, Ganymède et Callisto.
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Figure 1. Two pages (scan) from Galilei’s Sidereus Nuncius (“The Starry Messenger” or “The Herald of the Stars”), Venice, 1610.
Goodman et al. (2014) PLoS Comput Biol 10(4): e1003542. doi:10.1371/journal.pcbi.1003542
Les notes de Galilée intègrent:
données + méta-données + matériel & méthodes
depuis Galilée le concept a un peut évolué …
Un article publié n’est que le sommet de l’iceberg que représente le processus de recherche.
“An article about computational results is advertising, not scholarship. The actual scholarship is the full software environment, code and data, that produced the result.”
Claerbout and Karrenbach 1992. http://sepwww.stanford.edu/doku.php?id=sep:research:reproducible:seg92
“[…] reproducible computational research is to expose more of the research workflow to our audience.”
https://ropensci.github.io/reproducibility-guide/sections/introduction/
Wilson et al. 2016. Plos Comp Biol. https://arxiv.org/pdf/1609.00037.pdf
Saving both raw and intermediate forms; documenting all steps; creating tidy data amenable to analysis.
Writing, organizing, and sharing scripts and programs used in an analysis.
Le code, les scripts
L’environnement logiciel.
Le “workflow” (echaînement des scripts, des logiciels).
D’une manière générale automatiser au maximum
Recording how various components of your project change over time.
Utiliser un logiciel de gestion de versions (Git).
Making it easy for existing and new collaborators to understand and contribute to a project.
Organizing the digital artifacts of a project to ease discovery and understanding.
Writing manuscripts in a way that leaves an audit trail and minimizes manual merging of conflict.
Utiliser la programmation lettrée (literate programming)
au lieu de considérer que notre tâche principale est de dire à un ordinateur ce qu’il doit faire, appliquons-nous plutôt à expliquer à des êtres humains ce que nous voulons que l’ordinateur fasse.
Donald Knuth, années 70
Rmarkdown (https://rmarkdown.rstudio.com/)
Comment ça marche Rmarkdown ?
En markdown le texte est formaté en utilisant des balises très simples comme les _ ou les *
Formats d’export de Rmarkdown (pandoc)