Un exemple
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Galileo Galilei, par Peter Paul Rubens (circa 1630)
wikimedia commons
Un exemple
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Mosaïque de Jupiter en vraies couleurs réalisée à partir de photographies prises par la sonde Cassini le 29 décembre 2000 à 5 h 30 UTC.
wikimedia commons
Un exemple
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Les quatre satellites galiléens : Io, Europe, Ganymède et Callisto.
wikimedia commons
Un exemple
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Figure 1. Two pages (scan) from Galilei’s Sidereus Nuncius (“The Starry Messenger” or “The Herald of the Stars”), Venice, 1610.
Goodman et al. (2014) PLoS Comput Biol 10(4): e1003542. doi:10.1371/journal.pcbi.1003542
Un exemple
Les notes de Galilée intègrent:
- Données (dessins)
- Méta-données (date, météo, carac. lunette)
- Texte (description des méthodes, analyses et conclusions)
Recherche reproductible
données + méta-données + matériel & méthodes
Recherche reproductible
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depuis Galilée le concept a un peut évolué …
Recherche reproductible
- Data Management: saving both raw and intermediate forms; documenting all steps; creating tidy data amenable to analysis.
- Software: writing, organizing, and sharing scripts and programs used in an analysis.
- Tracking Changes: recording how various components of your project change over time.
- Collaboration: making it easy for existing and new collaborators to understand and contribute to a project.
- Project Organization: organizing the digital artifacts of a project to ease discovery and understanding.
- Manuscripts: writing manuscripts in a way that leaves an audit trail and minimizes manual merging of conflict.
Wilson et al. 2016. Plos Comp Biol. https://arxiv.org/pdf/1609.00037.pdf
Data Management
Saving both raw and intermediate forms; documenting all steps; creating tidy data amenable to analysis.
Data Management
- Sauvegarder les données initiales en l’état.
- Les mettre en lecture seule si possible.
- Scripter l’acquisition des données au maximum (API), surtout si elles sont volumineuses.
- Toute transformation sera scriptée, cela devient un résultat.
- Générer les données que vous voudriez recevoir (tidy)
Software
Writing, organizing, and sharing scripts and programs used in an analysis.
Software
Le code, les scripts
- Peut importe la convention adoptée, rester constant !
- Chemins relatifs ! Toujours !
- Pas d’espaces, d’accents dans les noms !
- Commenter/documenter (les fonctions, les scripts)
Software
L’environnement logiciel.
- Les packages (version) : packrat
- quid des bibliothèques système, de la version de R, de la version de l’OS ?
Software
Le “workflow” (echaînement des scripts, des logiciels).
D’une manière générale automatiser au maximum
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- il existe des outils pour ça (pseudo makefile en R, makefile shell, pipeline toolkits [Remake, Drake])
Tracking Changes
Recording how various components of your project change over time.
Tracking Changes
Utiliser un logiciel de gestion de versions (Git).
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Collaboration
Making it easy for existing and new collaborators to understand and contribute to a project.
Collaboration
- documentaiton de l’archive de recherche (Readme, License, code de contribution)
- Plateforme de collaboration en ligne (intègre Git !) : github, gitlab
Project Organization
Organizing the digital artifacts of a project to ease discovery and understanding.
Project Organization
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Project Organization
- Research compendium : organisation du répertoire de travail
- Pipeline toolkit (Drake) : gère les dépendances entre données, scripts et résultats
Manuscripts
Writing manuscripts in a way that leaves an audit trail and minimizes manual merging of conflict.
Manuscripts
Utiliser la programmation lettrée (literate programming)
au lieu de considérer que notre tâche principale est de dire à un ordinateur ce qu’il doit faire, appliquons-nous plutôt à expliquer à des êtres humains ce que nous voulons que l’ordinateur fasse.
Donald Knuth, années 70
Manuscripts
Comment ça marche Rmarkdown ?
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En markdown le texte est formaté en utilisant des balises très simples comme les _ ou les *
Manuscripts
Formats d’export de Rmarkdown (pandoc)
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